ФНС не запрещает вести деятельность в нескольких регионах. Перечислять их не требуется, достаточно выбрать один (свой или одного из заказчиков).
Эта оговорка касается удалённой деятельности или оказания услуг через интернет. Если работа подразумевает встреч и непосредственного контакта с клиентом, самозанятый должен указать тот регион, в котором осуществляется его деятельность.
Сейчас режим НПД доступен для всех субъектов РФ. Если вы захотите изменить информацию о месте ведения деятельности, это можно сделать на сервисе «Мой налог», но не чаще одного раза в год.
Кстати, в настройках можно указать несколько видов деятельности, если вы выполняете разные услуги.
